Eubacterium saphenumは成人性歯周病患者から比較的高頻度で検出される糖非分解性のグラム陽性桿菌である。

Filifactor alocisは最近追加された歯周病関連菌で、歯周ポケットにおける酸化ストレスにつよく、菌体からプロテアーゼとコラゲナーゼを分泌して宿主の歯肉を分解しバイオフィルム形成を行うことから、歯周病の指標菌と考えられている。

Fusobacterium nucleatumは歯周プラークの主要な構成員として知られている。口腔内で豊富に存在する上に、ほかの菌をまとめて凝集する性質があるためプラークを形成します。このため歯周病の原因菌とされています。糖から酪酸を作る能力があり、歯肉細胞の増殖抑制や口臭の原因となる。（口臭カテゴリを参照）

H pyloriは胃で生息し胃がんの主要なリスク要因となる菌である。口腔のプラークにも生息しその量が多いほど歯周病の原因菌とされるP gingivalis, P intermedia, F nucleatum, T denticolaの生息数が増える傾向にあることが報告されている。

Leptotrichia buccalisは健康な口腔内にも存在する嫌気性細菌の一種。非病原性ですが歯垢の主要な構成細菌とされている。

Parvimonas micraは歯周病患者の歯肉ポケットやプラークおよび唾液から検出される歯周病関連細菌で、歯肉感染患者では28％と高い確率で検出される。

Porphyromonas endodontalisは細胞付着性や強い毒性は持たないが慢性的な歯周病患者の歯根根管感染部位ではよく観察される菌であると報告されている。

Prevotella intermediaは歯肉炎や歯周炎の原因となる菌である。生育にステロイドホルモンを必要とするため、特に妊娠期の女性の口腔内で増加して歯肉炎の原因となる。ラクトフェリンにはP. intermediaに対する抗菌作用があり、プラークの形成を抑制する効果のあることの報告がある。
冠動脈疾患患者の血清中にPrevotella intermediaの抗体が検出されること、動脈硬化病変部でPrevotella intermediaのDNAが検出される報告がある。

Prevotella nigrescensは歯周病の病変部で検出される菌で、歯肉感染のある唾液検体から19％、プラーク検体から23％の頻度で検出されますが検出頻度はP. intermediaよりも低く、健康な口腔内にも存在する常在菌である。同じ属に含まれるP. intermediaは歯周病感染患者の唾液からは66％、プラーク検体からは54％の頻度で検出されるという報告がある。

Pyramidobacter piscolensは根尖性歯周炎部位の歯溝から検出される。

Selenomonas noxiaは歯周炎部位で健常部位に比べて豊富に存在するとされる細菌

Slackia exiguaは歯周炎ポケットから検出され、糖尿病患者において敗血症を起こした事例がある