細菌に化合物をマッピングするサービスを開始
細菌・酵素を起点とした新世代の化合物インシリコスクリーニングサービス
従来の経験則や限定的な情報に依存しがちだった探索プロセスを、データ駆動かつ体系的なアプローチへと進化
化合物インシリコスクリーニングサービスは、細菌および細菌由来酵素を標的とした化合物探索を、大規模言語モデルと構造情報解析の組み合わせにより高度化するインシリコスクリーニングサービスです。
疾患や表現型の背景にある細菌の特定から、化合物との構造レベルでの相互作用評価までを一貫して支援し、高角度な候補化合物を提示できます。
探索は２つのフェーズで実施、どちらのフェーズからでもご依頼いただけます
文献知識と構造情報を統合したデータ駆動型アプローチの特徴
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細菌・酵素を起点とした探索：
文献知識基盤と大規模言語モデルで、疾患や肌状態などの表現型から候補細菌、真菌を探索。（メタゲノム解析データなども併せて利用可能）
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天然物・化合物ライブラリを活用した柔軟なスクリーニング対応：
既知活性化合物データベースと保有化合物の構造比較で合理的に機能と化合物のマッピングが可能。さらに構造解析で角度の高い化合物を絞り込めます。
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創薬・化粧品・機能性素材など幅広い応用分野に対応可能
当社でも天然物由来ライブラリセットを準備しています
当社が共同研究を行っているドイツAnlytiCon社のライブラリを利用した微生物へのマッピングも可能です。
自社化合物以外にさらなる発展系としてご利用いただけます。
参考ニュース
2026/2/1
ドイツAnalytiCon Discovery社との共同研究開始
皮膚マクロバイオームを標的とした天然由来成分の開発に向けて共同研究を2025年12月に開始。ここでは、標的となる細菌に同社の天然物をマップして効率の良い原材料開発を支援します。またお客様が持つ化合物を標的細菌に効率的に作用できるかというインシリコでの予測サービスも行います。詳細はお問合せください。
PHASE1
「着目する疾患や表現型はあるものの、原因菌や標的分子が未確定というケース」では、化合物スクリーニングの実施前に、フェーズ１として標的となる細菌種や酵素の探索調査を実施します。
当社独自に構築した細菌・真菌に特化した文献知識基盤（RAG Database）と大規模言語モデル（LLM）を組み合わせ、文献エビデンスに基づいて疾患・表現型に関連する細菌種を網羅的に探索し絞り込むプロセスを利用。
さらに、必要に応じて疾患や表現型に関与する細菌由来酵素までを同一基盤上で解析し、創薬・素材探索に直結する実行可能な標的候補を提示します。
「S-KINサービスの拡張として」
細菌叢解析などですでに細菌種を特定している場合も、見落としている 細菌が無いかを確認する目的で既知の文献情報からの情報収集として実施することも可能です。
USE CASE
ミドル脂臭関連細菌の特定
当社内製のRAG LLMを利用
Are there any scientific papers reporting that Bacteria X produces diacetyl in the skin?
というクエリを"Bacteria X"に入る細菌名を3万菌種以上の細菌種について変化させながら実施し、文献上でミドル脂臭の原因となるジアセチルの合成にかかわる細菌を収集。
Staphylococcus epidermidisとStaphylococcus aureusを特定
Staphylococcus epidermidisとStaphylococcus aureusの2つの細菌種が肌でのジアセチルの合成を介してミドル脂臭の発生に関与する細菌として特定されました。
収集した細菌は、さらにジアセチル合成に関与する酵素があるかも同じ大規模言語モデル上で調査し、ジアセチルの合成に関与する酵素の絞り込みを実施しました。
PHASE2
実験データと構造情報を統合した合理的な化合物選択を実施
特定された細菌の増殖抑制や機能制御を目的とする場合
最新の抗菌活性データを基盤として、ユーザー提供の化合物構造（SDF）あるいは化合物ライブラリーを対象に、ケモインフォマティックス解析を実施します。
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既知活性化合物との構造完全一致解析
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ライブラリ全体のクラスタ解析と代表構造との比較による候補化合物の選別
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活性化合物からの最大共通部分構造（MCS）の取得
USE CASE
S. epidermidisとS. aureusに抑制効果をもつ化合物の探索
ChEMBLデータベース登録の阻害活性情報を利用
ChEMBLに記録されたS. epidermidisに阻害活性を持つ既知化合物は9千件、S. aureusに阻害活性を持つ既知化合物は5万件であり、両方の細菌種に共通する阻害活性物質は5千件であった。
この5千件の既知化合物に対し、まったく同じ、もしくは類似した構造をもつ化合物を化合物ライブラリ(SDFファイル)から探索した結果、
構造完全一致：46化合物
構造類似度>80％：248化合物
を特定した。
こののち、これらの化合物の最大共通部分構造（MCS）を探索し、S. epidermidisとS. aureusの増殖を同時に阻害する効果を実測するスクリーニング試験へと進む化合物を選定することができた。
さらなる探求
細菌由来酵素を標的とした構造ベース解析
こちらの解析の詳細はお問い合わせください。
細菌が持つ特定酵素を標的とする場合には、立体構造情報の調査を行い、構造ベースの化合物評価を実施します。
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既知立体構造やモデル構造を用いた結合部位の検討
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複数手法を組み合わせたドッキング解析による候補化合物評価
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結合様式の一貫性や空間的妥当性を考慮した候補選別
これにより、分子機構の理解に基づいた高確度な候補化合物の提示を実現します。