Data Mining Service and Tools

​メカニズム探索から安全性評価までインシリコでのソリューション

  • 薬物・原材料探索
  • 阻害化合物探索
  • メカニズム探索
  • ターゲット探索
  • ​安全性評価
Service and Software
プロフェッショナル研究者に自身をもってご提案

株式会社ワールドフュージョンが最も自身をもってヒトマイクロバイオームのソリューションを提供出来るのは、最高水準のインフォマティックスシステムと経験者の存在です。

ここでは、主に”微生物”や”化合物”、”原材料”をキーワードにいくつかのソリューションを紹介します。

ゲノム解析、ウイルス解析、本格的なソリューションは、当社のホームページで紹介しています​。

微生物の機能と候補薬物探索
# Porphyromonas gingivalisに関する様々なメカニズム探索
​微生物名を入力すると、文献数の推移グラフとともに、各タブに以下のようなアノテーションが一度に見ることができる
微生物から取得できる多くの関連情報

  • Assay Target: Assayが行われた 微生物およびその微生物由来のタンパク質 と 活性化合物数と活性値詳細などがわかる。LSKBでは多くのデータにアッセイによる相互作用を利用。アッセイは、バイオアッセイ（Bioassay）のことで、ターゲットとなる微生物もしくはたんぱく質に化合物による反応を見て活性値などを測定した実験データをもとにデータマイニングを実施。

  • Assay: 微生物を利用したアッセイの概要、アッセイのタイプ（Functional,Binding)とターゲットタイプ（微生物か、タンパク質か）が表示され、各アッセイの詳細へのリンクが利用できる

  • Protein: 微生物も持つタンパク質、タンパク質のアノテーションやアッセイデータがある場合、活性値に紐ずく。

  • Disease: 論文をテキストマイニング。当該微生物関連疾患の論文数とそれらの論文へのリンク

  • HealthCare: MeSHカテゴリのHealthCareのキーワードで論文をテキストマイニング。関連する論文数と論文へのリンク

  • Persons:   MeSHカテゴリのPersonsのキーワードで論文をテキストマイニング。関連する論文数と論文へのリンク

  • Technology:   MeSHカテゴリのTechnology and Food and Beveragesのキーワードで論文をテキストマイニング。関連する論文数と論文へのリンク

  • Pharmacological Action: 薬理作用キーワードで論文をテキストマイニング。関連する論文数と論文へのリンク

  • ​その他のテキストマイニング：疾患、化合物、組織などの共記出現する論文にたどり着く。特に、疾患は高度なテキストマイニングレベルを持って正確に論文にたどり着くことができる。

# Porphyromonas gingivalisに関する候補化合物探索
アノテーションのAssayタブから化合物が探せる

Assayでターゲットが微生物（この場合はPorphyromonas gingivalis）でMIC（最小発育阻害濃度）の実験をされた化合物を検索した例

Assayでターゲットがタンパク質（この場合はPorphyromonas gingivalisのLys-gingipain）で実験をされ活性値を持った化合物を検索した例

疾患から化合物を探す
# 歯周病に関する候補化合物探索

疾患関連 細菌・微生物の文献情報、Target Protein、さらに それらに対するアッセイ情報、活性化合物、活性値がわかります。

ここでは歯周病から抗生物質候補を探します。このあと化合物構造をもとに類似化合物の探索やターゲットの予測などが可能です。

​疾患名を入力すると、文献数の推移グラフとともに、各タブに以下のようなアノテーションが一度に見ることができる
疾患から取得できる多くの関連情報

  • Summary: さまざまなサイトから集めた疾患の概要と外部サイトへのリンク

  • Classification: 疾患の階層、上位階層などの情報の取得可能

  • Symptom: 症状ごとの記載論文へのリンク

  • Drug: 治療薬とClinical trialのステージ、ターゲットタンパク質、治療薬のメカニズム分類

  • Gene: アッセイによる活性値や阻害・結合化合物をもつ遺伝子を優先的に選択可能

  • Micro Organism: 関連する微生物、広範囲な化合物の探索はここから実施

  • Protein: 疾患関連薬剤ターゲット： 薬剤の開発phaseと アッセイ情報へのリンクで活性化合物と活性値を取得

  • dbSNPs: 疾患に関連されるSNPsを表示、遺伝子型を特定。エビデンス文献へのリンクあり

  • Pathway: 疾患が関係するパスウエイとデータソースへのリンク、同一パスウエイ内にある遺伝子、化合物やタンパク質を参照可能

  • Tissue: 疾患に関連する組織とその関連文献の表示

  • SRA: 疾患に関連するNCBIのSRAの情報とNCBIへのリンク

  • Clinical Trial: Clinical trialの詳細。試験された化合物やNIHのclinicaltrials.govへのリンク

​歯周病に関連するバクテリアを見る
# 歯周病に関するオントロジーを用いて、違う角度から化合物を探す
本手法は、前述のアッセイや文献マイニングの方法とは異なり、疾患から関連する遺伝子のオントロジーをグループ化して同じオントロジー機能を持つターゲットや化合物を探すことができる。全く異なる創薬探索アプローチである。
疾患に関係するオントロジー（この場合はprotein metabolic process）を共通でもつ遺伝子（ターゲット）を簡単に探せる。
疾患に関係するオントロジー（この場合はprotein metabolic process）を共通とするMOA(Mechanism Of Action)を持った化合物を探す。
​化粧品原材料の探索
# 化粧品原材料を機能から探す

化粧品原材料の化合物を機能で分類。

化合物の特徴や微生物との関連性も見ることができる

SKIN CONDITIONING
HAIR CONDITIONING
SURFACTANT
EMOLLIENT
PERFUMING
EMULSIFYING
ANTIOXIDANT
SKIN PROTECTING

​・・・

65種類の機能分類で化合物を整理、化合物のアノテーションなど調査できる。

原材料の安全性評価

動物での安全性試験の代わりに「Chemotargets CLARITY- Cosmetic Explorer」を提案します

「Cosmetics Explorer」には、4,000以上の化粧品原料(Cosing Database)をもとに、それぞれの化学構造とともに、、それらの機能と薬理作用としての実測値および予測された標的の活性および毒物評価項目（安全性）との関連性が搭載されています。既知および予測されるターゲットファミリと安全性カテゴリは、化粧品機能分類ごとに表示解析ができます。新規成分構造から活性や安全性の予測を可能にします。

機能分類のポータル画面

機能詳細の化合物のさまざまな副作用をコンピュータ上で評価することができます。

この例は、HAIR CONDITIONINGで既知もしくは予測された副作用を示したものです。

​化合物構造から、機知のデータを利用してターゲット、安全性、代謝物の予測ができます。

微生物のアノテーション探索

微生物の研究用アノテーションの収集には手間がかかります。しかも、情報が得にくい菌と情報が豊富な菌が極端です。Speciesレベルでは情報が無くても、Genusレベルでは情報が豊富かも知れません。当社では以下に表示するような形で微生物の情報源と情報量をデータベース化していて、それぞれ着目したい情報を取り出す仕組みを持っています。これを利用し、可能な限りの菌の情報を研究者の方へお届けするオプションサービスです。

この例は、Cosmetic Explorerでdeoxybenzoneを検索し、ターゲットプロファイルとその代謝物を示したものです。

このオプション解析では、ご要望に応じ高度な探索を提供します。

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