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研究用キット

S-KIN Proの基本解析、無料オプション、有料オプション、その他の解析について紹介します

S-KIN Proの解析は最も基本的な菌叢解析から、菌のアノテーション、更には関連化合物などの探索までを、お客様のニーズに応じてデータ解析を実施します。

解析には様々なデータベースを利用します。菌取特定には、27万以上のバクテリアデータベース、菌のアノテーションには1996年からの文献データをデータマイニングして作成したデータで、疾患や組織、化合物との関係を見ることができます。菌のもつタンパク質や共通ドメインからもその性質を探すことが出来ます。

また、本格的な化合物探索には微生物と化合物アッセイのデータベースを利用することができ、アッセイの活性値など参照できます。

基本解析は最低限の、そして最大限必要なデータをキット標準で

常在菌の多様性

最も基本的な解析です。本キットを利用した検査は次世代シーケンサーを活用していることで、検出可能な菌は全て検出することが出来ます。

16srRNAの一部の領域のDNA塩基配列を27万種以上のデータベースと比較してデータベース上から最も配列が似ている菌種を選びます。

当社の実験では、一度に2500以上の菌が特定されますが、そのうち全体の占有率が0.1%以上を占める菌種(平均150程度)を使って多様性の値を求めます。

多様性が良いと菌のバランスがとれていることになります。肌状態が悪くなったり、疾患などの影響で皮脂代謝物質が変化してしまうと、常在菌バランスを崩して多様性のインデックスが悪くなります。

協力企業様

本プロジェクトを共同で立ち上げました。

S-KIN・S-KIN Proのシーケンスは株式会社瑞輝で行っています。

しかし、多様性だけでは常在菌の平衡状態が良いか悪いかしかわかりません。そこで、次の解析でわかりきっている着目した菌の分析、及び中でも占有率が高い菌に着目して分析を行います。

S-KIN Proでは有料とはなりますが、さまざまなオプション解析、特殊解析など準備しています。目的に応じご相談ください。

肌常S-KIN Proは、さまざまな目的で利用できます

S-KINでは当社で独自の方法でデータを学習させ、各菌の良い状態というレベルを独自に作成しています。

サンプル収集の流れ
サンプル収集の流れはほぼ一般用と同じですが、注文の方法が異なります。
基本解析とレポート

着目菌種による分析

機能がよく知られている S.epidermidis、S.aureus、P.acnesを代表とする美肌、肌トラブル、肌炎症制御などの関連報告のある着目菌種の含有率を表示(当社で調査した肌状態が良い人と比較したグラフを表示することも可能)。その他、疾患に関係のある菌、治療薬や化合物との相互作用が報告されている菌など当社ではさまざまな菌に関する情報データベースを保持しています。リクエストに基づいた着目菌種でのレポートを作成します。(レポートの形式は菌種によって異なります)

常在菌の多様性

肌タイプの予測

当社で調査した、肌状態に関する背景情報と常在菌の菌叢データを使い、検体データがどのような背景情報であるかを予測します

オプション解析

当社の専門性を生かし、一歩進んだ解析やアノテーションを提供しています。オプション解析には、無料オプションと、有料オプションがあります。

無料オプション解析

アンケート項目による有意差検定(多検体申込時のオプション)

検査キット添付のアンケートを利用し、基本解析データと有意差検定を行い、アンケート項目ごとに着目する有意な菌種をレポートします。(アンケート項目変更に関しては有料オプションで対応します。

また、本解析は20サンプル以上で実施することをおすすめします。

有料オプション解析

アンケート項目の追加、変更

研究用にご利用の場合は事前に当社の標準付属アンケート項目をお送りいたします。追加、変更実施したい場合に活用ください。

連続値データの利用

肌測定データや血液検査などを利用して検定を行います。

微生物ランクの株を除く全ての階層での解析

「Domain」から「Species」までの微生物の分類階層で、サンプルごとのドーナッツグラフ作成します。

微生物のランクは以下の表の様になっていて、Species(種)レベルで特定ができない場合も、Genus(属)レベルでは特定ができる場合があります。

アクネ菌を例に取ると、Genusレベルではその下の階層(Species)では131種類の微生物が分類されています。(2015年8月基準、米NCBIのTaxonomy分類による)

ドーナッツグラフで見ることで、GenusレベルでPropionibacteriumの下層で、Propionibacterium acces(アクネ菌)とPropionibacterium sp.215が見つかっている。残念ながら、Propionibacterium sp.215は機能はわかっていないようだ。

微生物のランク表。微生物をどのランクで着目するかで微生物の役割も分類出来る。

全サンプルでのhtmlレポート

複数サンプルを解析した時に、主成分分析などの結果と、視覚的なバーグラフやパイチャート、ドーナッツグラフなどを切り替えて菌の分布を見たいと思います。

このようなときにhtmlレポートは動的に切り替えながら、またオンマウスで微生物名を確認しながら研究に利用できます。

肌タイプ判定用データベース作成

•背景情報と菌叢データを使い、判定用データベースを作ることで、「肌タイプの予測」のような自動判定を可能にします。自社基準の自動判定データベース作成にご利用ください。

微生物のアノテーション探索

微生物の研究用アノテーションの収集には手間がかかります。しかも、情報が得にくい菌と情報が豊富な菌が極端です。Speciesレベルでは情報が無くても、Genusレベルでは情報が豊富かも知れません。当社では以下に表示するような形で微生物の情報源と情報量をデータベース化していて、それぞれ着目したい情報を取り出す仕組みを持っています。これを利用し、可能な限りの菌の情報を研究者の方へお届けするオプションサービスです。

表の中には数字が羅列しています。それぞれの菌が持っている情報量を示しています。この情報量が多いほど研究対象になっているということです。

Acnesで実験されている代表的な化合物とその活性値を探索した例

このオプション解析では、ご要望に応じ高度な探索を提供します。